1996-97赛季，马刺队中伤兵满营，上一赛季球队得分前6的球员中有4名因伤错过大半比赛，大卫·罗宾逊整个赛季仅仅出场6次。球队创造了NBA历史上赛季胜场减少最多的纪录，从59胜降到了仅仅20胜，自大卫·罗宾逊加盟以来首次缺席季后赛。主教练鲍勃·希尔在3胜15负的开局后被辞退，而接替他的原总经理格雷格·波波维奇在担任NBA主教练的第一个赛季中仅仅取得了17胜47负的成绩。1997年5月18日马刺再次获得了NBA选秀的状元签，球队选择了来自维克森林大学的具有统治力的明星球员蒂姆·邓肯。

马刺

1998-99赛季，NBA因为劳资纠纷一度停摆，常规赛也因此从82场缩水到50场。马刺仅取得6胜8负的开局，主教练波波维奇因此饱受批评，但是球队领袖邓肯和罗宾逊都对他表示了坚定的支持，球队随后以31胜5负的战绩收尾。马刺在季后赛首轮3比1战胜森林狼，次轮4比0横扫湖人，西部决赛横扫开拓者，最终杀入总决赛，并以4比1战胜了纽约尼克斯队，这是马刺队历史上首次获得NBA总冠军，邓肯以27.4分、14个篮板和2.2次盖帽当选为总决赛MVP。选秀大会中，马刺队在次轮第57顺位选中来自阿根廷的马努·吉诺比利。之后吉诺比利继续留在意大利打球，到2002年才正式登陆NBA。